Retours de congrès

Journées de la Recherche Avicole et Palmipèdes à Foie Gras (JRA-JRFG, Tours, 20-21 mars)

Deux jours d'informations et de discussions sur les derniers développements scientifiques et techniques dans les filières avicoles et des palmipèdes à foie gras. Cette manifestation, est organisée tous les deux ans par l'ITAVI, l'INRA, l'Anses et le CTCPA, avec l'appui des branches françaises de la World's Poultry Science Association (WPSA) et de la World Veterinary Poultry Association (WVPA), deux associations de dimension internationale en aviculture.

Dans la session « Pathologie et Prévention », Eric Niqueux (Anses-UVIPAC) a présenté un poster sur la caractérisation in vivo de la virulence des virus H5-HP des deux dernières épizooties françaises. Cette présentation est associée à un article référencé dans la section « Publications récentes » de cette newsletter.

« Les virus influenza aviaires H5 hautement pathogènes responsables des foyers de 2015-2016 et 2016-2017 en France présentent des phénotypes distincts de virulence chez le canard mulard. » E. Niqueux, A. Schmitz, FX. Briand, P. Massin, C. Martenot, M. Cherbonnel, C. Allée, M. Chatel, C. Guillemoto, C. Guillou-Cloarec, F. Kerbrat, MO. Lebras, K. Ogor, I. Pierre, M. Amelot, D. Courtois, T. Lecoq, A. Scoizec, A. Huneau, S. Le Bouquin, A. Keïta, B. Grasland, N. Eterradossi.

9ème Journée Vétérinaire Bretonne (Ploërmel, 28 mars 2019)

Le 28 mars 2019 s’est tenue à Ploërmel (56) la 9ème Journée Vétérinaire Bretonne (JVB) organisée chaque année par les Groupements Techniques Vétérinaires (GTV) de Bretagne à l’intention des vétérinaires impliqués dans les productions animales. Cette année, au cours de l’atelier consacré à l’actualité en matière de médecine vétérinaire chez les porcins, il a été question de grippe dite « récurrente », une forme de grippe qui touche des bandes successives d’animaux à un âge déterminé et qui déstabilise fortement les élevages touchés. A cette occasion, Gaëlle Simon (ANSES-UVIP) a dressé un bilan des connaissances actuelles quant à la « Diversité et persistance des virus influenza dans les élevages de porcs en France » (pour ceux qui le souhaitent, un petit article de synthèse est disponible sur demande à gaelle.simon@anses.fr). Des vétérinaires ont ensuite rapporté des expériences de tentatives de gestion de cette forme de grippe dans des élevages français ou européens. Programme de cette journée : https://www.gtv-bretagne.org/formation-veterinaire/prochaine-journee-veterinaire-bretonne.

Les virus influenza ont fait un tour aux XXIèmes Journées Francophones de Virologie (Lyon, 28-29 mars 2019)

Par Maxime Fusade-Boyer (ENVT, Toulouse)

La XXIe édition des Journées Francophones de Virologie s’est tenue du 28 au 29 mars 2019 à l'ENS de Lyon. Plusieurs communications, orales ou sous forme de poster, portaient sur les virus influenza. Nous vous proposons ci-dessous la liste des présentations concernées avec un résumé de certaines d’entre elles (https://jfv-2019.sciencesconf.org/).

Evolution du virus grippal. Bruno Lina (bruno.lina@univ-lyon1.fr)

Les virus influenza humains et zoonotiques sont en constante évolution de part deux mécanismes : le réassortiment génétique et l’apparition de mutations ponctuelles, essentiellement observées sur les glycoprotéines de surface HA et NA. La surveillance de la grippe saisonnière permet de suivre l’évolution des virus influenza humains, qui repose essentiellement sur l’accumulation de mutations sur l’hémagglutinine, à l’origine d’un échappement du virus à la réponse immunitaire préexistante. La caractérisation moléculaire des virus couplée à la modélisation mathématique permettent de suivre, pratiquement en temps réel, l’évolution mondiale de ces virus et ainsi adapter les compositions vaccinales. D’autre part, ces outils permettent de mieux comprendre l’évolution épigénétique de ces virus, la balance HA/NA, les marqueurs d’adaptation à l’hôte, de virulence ou encore de résistance aux antiviraux. Enfin, l’étude des interactions ARN/ARN, l’analyse du potentiel d’assemblage de complexes à 8 segments de gènes d’origine hétérogène et les études du fitness des virus émergents sont des axes de recherche très actifs pour permettre une meilleure analyse du risque pandémique associée à l’évolution des virus influenza A humain et animaux.

Impact de la balance hémagglutinine/neuraminidase sur les évènements de co-infection pour les virus influenza A. Nicolas Malausse (nicolas.malausse@pasteur.fr), Sylvie Van Der Werf, Nadia Naffakh, Sandie Munier

Les phénomènes de co-infection jouent un rôle majeur dans l’évolution des virus influenza A en permettant notamment des réassortiments entre virus. L’un des déterminants viraux impliqués dans ces phénomènes de co-infection pourrait être la balance entre l’activité enzymatique de l’hémagglutinine et celle de la neuraminidase. En effet, l’hémagglutinine permet par son adhésion aux acides sialiques l’agrégation des particules virales alors que la neuraminidase, en étant responsable de leur clivage, permet la libération de ces dernières. Dans cette étude, on cherche à vérifier l’hypothèse du contrôle du degré d’agrégation des particules virales par la balance HA/NA et donc de son importance pour la fréquence des co-infections. En utilisant un couple de virus recombinant exprimant chacun un rapporteur fluorescent sur le segment PB2 (GFP ou m-cherry), les évènements de co-infection ont pu être détectés par cytométrie en flux. L’analyse des co-infections de deux virus H1N1 saisonniers recombinants avec la même HA (A/Paris/0644/2007) mais avec des NA possédant une activité enzymatique faible (A/Paris/1170/2008) ou forte (A/Paris/0497/2007) ont pu être réalisées. Les résultats obtenus permettront une première évaluation de l’impact de la balance HA-NA sur la fréquence des évènements de co-infection des virus influenza A.

Etude des interactions de l’ARN-polymérase des virus Influenza avec l’ARN-polymérase II. Jessica Morel (jessica.morel@inra.fr), Laura Sedano, Nathalie Lejal, Bruno Da Costa, Ronan Le Goffic, Bernard Delmas

L’ARN-polymérase des virus influenza (FluPol) est constituée de 3 sous-unités (PA, PB1 et PB2) et assure la transcription et la réplication du génome viral dans le noyau des cellules infectées. FluPol interagit avec l’ARN polymérase II (Pol II) cellulaire notamment lorsqu’elle détourne l’extrémité 5’ des ARNm cellulaires afin de les utiliser comme amorce pour la synthèse des ARNm viraux. S’il est connu que FluPol interagit avec la sous-unité POLR2A de Pol II, cette étude cherche à identifier de nouvelles interactions entre FluPol et l’ensemble des 12 sous-unités du complexe Pol II. Deux systèmes de complémentation permettant de localiser et quantifier les interactions protéine-protéine dans les cellules ont été utilisés. De fortes interactions entre les sous unités PB1 et PB2 de FluPol, ainsi qu’entre sous-unités contigües de Pol II, ont pu être mises en évidence. Les sous unités POLR2C et POLR2D de Pol II interagiraient avec PB1 et PB2 prises isolément, mais aussi avec le complexe PA-PB1 et le trimère FluPol. PB1 et PB2 isolément interagiraient également avec la sous-unité POLR2H de Pol II. Le dimère PA-PB1 ainsi que le trimère FluPol interagissent également avec la sous-unité POLR2G de Pol II. Des expériences de co-immunoprécipitation ainsi que la présentation de résultats obtenus avec des formes tronquées de sous-unités de FluPol permettront de confirmer et préciser les interactions mises en évidence et ainsi mieux appréhender les relations structurales et fonctionnelles entre ces deux complexes lors de la transcription virale.

Structure des ARN génomiques du virus Influenza A. Erwan Quignon (e.quignon@ibmc-cnrs.unistra.fr), Damien Ferhadian, Valérie Vivet-Boudou, Hardin Bolte, Catherine Isel, Redmond Smyth, Martin Schwemmle, Roland Marquet

L’empaquetage des segments d’ARN viraux est une étape clef pour mener à la formation d’un virion viable. On retrouve ainsi à l’extrémité de chaque segment d’ARN viral, le complexe polymérase constitué des protéines PB1, PB2 et PA. Un exemplaire de chacun des 8 segments doit être empaqueté afin de produire une particule virale infectieuse. Le projet consiste à déterminer les principes qui régissent l’empaquetage des ARN génomiques. De plus, la structure du génome facilite les réassortiments génétiques lors de l’empaquetage. Il a pu être montré que des interactions ARN-ARN et ARN-NP étaient impliquées dans le mécanisme d’empaquetage. Pour identifier les régions impliquées dans ces interactions, des techniques de cartographie chimique, SHAPE-MaP et DMS-MaPseq ont été utilisées. La première étape consiste à modifier des ARN transcrit in vitro afin d’obtenir des ARN nus ou complexés à la protéine NP. Une étape de rétro-transcription permet de détecter les modifications par arrêt de la polymérase. Trois réactifs permettent la modification des riboses, la modification des bases A/C et des bases U/G. L’étape suivante consistera à appliquer ces techniques sur des particules virales complètes ou désassemblées, ainsi qu’à plusieurs souches mutantes. Les conditions de rétro-transcription utilisées permettront d’induire des mutations aux positions des nucléotides modifiés, qui seront détectées pas séquençage haut débit. Ce projet devrait permettre de déterminer la structure des ARN génomiques dans les particules virales mais aussi des régions impliquées dans les interactions ARN-ARN ou ARN-NP.

Des interactions PB2-PA impliquées dans la dimérisation de la polymérase virale limitent les possibilités de réassortiment génétique entre virus influenza A. Kuang-Yu Chen (kuang-yu.chen@pasteur.fr), Emmanuel Dos Santos Afonso, Nadia Naffakh, Catherine Isel

L’ARN-polymérase des virus influenza (FluPol) est constituée de 3 sous-unités : PB2, PB1 et PA. Un virus réassortant dont le segment PB2 dérive du virus A/WSN/33 (WSN) dans un fond génétique A/PR/8/34 (PR8) est atténué par rapport au virus PR8 sauvage et ce malgré un pourcentage d’identité génétique de 97% entre les PB2 des deux virus (PR8 et WSN). L’objectif de cette étude est de mieux comprendre les bases moléculaires de cette incompatibilité génétique. Pour cela, après plusieurs passages en série, un réassortant présentant une capacité de réplication proche de la souche PR8 sauvage a pu être isolé. Du séquençage haut débit a permis d’identifier sur ce réassortant une mutation sur PB2 (D701N), une mutation sur PB1 (M195T) et deux mutation sur PA (L28R et E349K). Des virus possédant ces mutations isolées ou en combinaison ont été produits par génétique inverse, avec notamment une mesure de leurs titres infectieux. L’activité polymérase et la dimérisation des FluPol sauvages ou mutées ont également été analysées. Les résultats obtenus montrent que l’acquisition des deux mutations précédemment identifiées sur PA est suffisante pour restaurer un titre infectieux et un phénotype en plage de lyse proches de ceux du virus PR8 sauvage. De même, l’association de ces deux mutations montre des niveaux d’expression des ARN viraux proches de ceux du PR8 sauvage. L’acquisition d’une PB2 WSN au sein du PR8 entrainerait un défaut de synthèse de l’ARN viral, corrigé par les deux mutations identifiées sur PA. Enfin, les résultats des tests d’interaction FluPol-FluPol indiquent que ces deux mutations sont exposées à la surface du trimère et affectent la dimérisation de FluPol. Ainsi, des phénomènes de réassortiments impliquant les segments du complexe polymérase, même génétiquement proches, peuvent être limités par le biais de la dimérisation de FluPol et de son contrôle sur l’équilibre entre activités de réplication et de transcription virales.

Distribution spatio-temporelle et évolution du virus influenza A/H1N1 pandémique chez le porc en France depuis 2009 émergence d’un nouveau génogroupe spécifique du porc. Amélie Chastagner (amelie.chastagner@anses.fr), Séverine Herve, Stéphane Queguiner , Edouard Hirchaud , Véronique Béven , Stéphane Gorin , Nicolas Barbier, Yannick Blanchard , Gaëlle Simon

Le virus influenza A/H1N1(2009), initialement issu d’un réassortiment entre des virus influenza d’origine porcine, a été responsable de la pandémie grippale de 2009 (H1N1pdm) et s’est rapidement transmis de l’homme au porc dans de nombreux élevage à travers le monde. Depuis, le virus est saisonnier chez l’homme et enzootique dans les populations porcines. La surveillance en France de virus influenza A porcins (swIAVs) responsables de syndromes respiratoires dans les élevages de porcs a permis de détecter la présence du H1N1pdm tous les ans depuis 2010, avec toutefois davantage de détection début 2016 et 2018, pendant les épidémies hivernales chez l’homme. Le fait que le virus a été peu détecté en Bretagne, région de forte densité porcine, suggère une compétition entre sous-type viraux. Les analyses phylogénétiques du génome complet de 21 souches de H1N1pdm isolées chez le porc montrent une forte similarité entre les souches porcines et humaines, soutenant l’hypothèse de transmission de novo fréquentes de l’homme vers le porc. Un nouveau génogroupe au sein du linéage H1N1pdm a aussi été détecté en 2015-2016, constitué uniquement par des souches porcines. L’horloge moléculaire suggère une divergence entre ce nouveau génogroupe et les souches H1N1pdm évoluant chez l’homme et/ou de novo transmises au porcs, estimée autour de 2011. Ces souches n’ont pas été associées pour l’instant à une virulence accrue chez le porc et restent relativement proches des souches humaines sur le plan antigénique, malgré des mutations observées dans certains épitopes. Du fait d’une dérive antigénique chez le porc, mais aussi chez l’homme, les efforts de surveillance doivent être maintenus, afin de détecter rapidement l’émergence de virus H1N1pdm porcins vis-à-vis desquels l’homme ne possèderait pas de protection immunitaire croisée et/ou qui échapperaient à la protection vaccinale.

Signatures transcriptomiques des infections et repositionnement de médicaments pour de nouvelles indications antivirales. Manuel Rosa-Calatrava (manuel.rosa-calatrava@univ-lyon1.fr).

La nature intrinsèque des virus, en constante évolution, l’efficacité sous-optimale de certains vaccins, ainsi que l’émergence de résistances à un arsenal antiviral limité, mettent en évidence la nécessité de développer de nouvelles approches thérapeutiques.

Inspiré du nouveau paradigme de poly-pharmacologie, notre laboratoire a développé et validé une stratégie innovante de repositionnement de médicaments pour de nouvelles indications antivirales. Basée sur  une approche de ciblage de l’hôte et sur l’exploitation de signatures transcriptomiques de patients infectés, plusieurs molécules ont été sélectionnées et validées dans différents modèles in vitro, ex-vivo et in vivo pour leur propriété d’inhibition des virus influenza. Un essai clinique de phase II (FLUNEXT ClinicalTrials.gov Identifier: NCT03212716) est actuellement mené pour l’évaluation d’une des molécules repositionnées dans la prise en charge de patients en réanimation et le traitement des infections grippales sévères. Notre laboratoire a aujourd’hui étendu sa stratégie de repositionnement à d’autres pathogènes respiratoires, illustrant ainsi son potentiel à répondre à l’émergences de nouveaux pathogènes et à contribuer à une meilleure gestion des résistances aux antimicrobiens.

Autres présentations :

Etude de co-infections virales IDV et BCoV dans le cadre des bronchopneumonies infectieuses chez le bovin. Adrien Lion (a.lion@envt.fr), Elias Salem, Justine Oliva, Mariette Ducatez, Gilles Meyer

Dynamique intracellulaire et fonctions de la protéine NS1 du virus de la grippe. Ait Yahia Lynda (lynda.ait-yahia@inra.fr), Christiane De Voreix, Daniel Marc, Francois Lefevre

Identification d’un nouveau motif indispensable à la restriction du virus de la grippe par la protéine MX1. Olivier Moncorgé (olivier.moncorge@irim.cnrs.fr), Laurent Chaloin, Laura Graf, Marine Tauziet, Joe Mckellar, Charlotte André, Wendy Barclay, Georg Kochs, Caroline Goujon

Le criblage d’une banque d’exoribonucléases cellulaires interagissant avec la polymérase des virus influenza permet d’identifier l’implication de la protéine cellulaire ERI1 dans le cycle viral. Marion Declercq (marion.declercq@pasteur.fr), Elise Biquand, Marwah Karim, Caroline Demeret, Cyril Barbezange, Sylvie Van Der Werf

Interaction de la protéine NS1 des virus influenza A avec l'ARN mécanismes impliqués dans la reconnaissance spécifique. Daniel Marc (daniel.marc@tours.inra.fr), Alan Wacquiez, Stéphane Goffinont, Virginie Nadan, Franck Coste, Emmanuel Kut, Bertrand Castaing

Virus Influenza A H5N1 hautement pathogène en Afrique de l’Ouest, 2015-2018. Maxime Fusade-Boyer (m.fusadeboyer@envt.fr), Pidemnéwé Pato, Mathias Komlan, Koffi Dogno, Trushar Jeevan, Adam Rubrum, Emmanuel Couacy-Hyman, Daniel Batawui, Emilie Go-Maro, Pamela Mckenzy, Richard Webby, Mariette Ducatez

Pathogénèse du virus influenza D en modèle murin: un tropisme respiratoire et entérique associé à une réponse pro-inflammatoire modérée. Justine Oliva (j.oliva@envt.fr), Maxence Delverdier, Nathalie Bourgès-Abella, Josiane Loupias, Isabelle Pardo, Céline Bleuart, Gilles Meyer, Mariette Ducatez

The gut microbiota modulates viral replication in ducks infected with a H5N9 highly pathogenic avian Influenza virus. Thomas Figueroa (t.figueroa@envt.fr), Pierre Bessière, Amelia Coggon, Maxence Delverdier, Romain Volmer

Impact d’une infection par un virus influenza A porcin sur la vaccination anti-SDRP à l’aide d’un vaccin vivant atténué chez le porcelet. Patricia Renson (Patricia.RENSON@anses.fr), Céline Deblanc, Mireille Le Dimna, Stéphane Gorin, Sophie Mahe, Frédéric Paboeuf, Gaëlle Simon, Olivier Bourry

Optimisation de la technique de Génétique Inverse pour l’obtention du virus Influenza Comparaison des méthodes à 8 et 12 plasmides. Morgan Sarry, Isabelle Peubez, Julie Medina, Maryann Giel-Moloney, Jean-Marc Guillaume, Jean Haensler, Isabelle Legastelois (Isabelle.Legastelois@sanofi.com)